受体细胞中的限制修饰系统对外源重组DNA分子的降解;受体细胞中内源性的转座元件促进重组分子的缺失重排;重组质粒在受体细胞分裂时的不均匀分配;外源基因的高效表达严重干扰受体细胞正常的生长代谢;能量