海底近似地被处理为阶梯状，使底层流场不符合物理实际;模式在处理底边界层时编程很不方便;在近岸潮差较大海域，海面附近某些计算层可能会出现露出或淹没的情况，易造成能量和物质的不守恒;水深较浅的海域能够实际享受到的垂向分层数有限，垂向分辨率不高